邓元起字仲居，南郡当阳人。年少时有胆有识，且臂力过人。性任侠，好赈施，乡里少年多归附他。起家于州辟议曹从事史，转任奉朝请。雍州刺史萧缅起用他为槐里令。迁任弘农太守、平西军事。当时西阳马荣率众沿江掠夺，商旅断绝，刺史萧遥欣派元起率兵讨伐平定了。迁任武宁太守。　　永元末年，魏军逼近义阳，元起从郡里去增援。蛮帅田孔明依附于魏，自号郢州刺史，寇掠三关。阴谋袭击夏口，元起率精锐部队攻打他们，旬月之间，一连攻陷六城，斩获数以万计，其余寇贼皆四处逃散。仍然戍守三关。郢州刺史张冲监督黄河以北的军事，元起多次写信给张冲，要求撤军。张冲回信说：“足下在彼，我在此，表里之势，所谓金城汤池；一旦舍去，就会荆棘丛生。”于是上表于帝，任元起为平南中兵参军事。自此每战必捷，勇冠当时，敢死之士乐于为其卖命者有一万余人。　　义师起事时，萧颖胄来信召请他。张冲待元起一向宽厚，其他将士却都惧怕张冲。当颖胄的书信到来之后，元起的部下大都劝他返回郢城。元起对部将大声说：“朝廷暴虐，诛戮功臣，小人得志，衣冠道尽。荆、雍二州同举大事，何患不克。况且我老母在西，岂容背本。若事不成，政受戮昏朝，幸免不孝之罪。”即日严明纪律率军返回。至江陵，任西中郎中兵参军，加冠军将军。率兵与高祖在夏口会面，高祖命王茂、曹景宗及元起围城，在九里筑垒，张冲屡战，大败，于是围城固守。　　和帝即位，授假节、冠军将军、平越中郎将、广州刺史，迁给事黄门侍郎，移镇南堂西渚。中兴元年(501)七月，郢城投降，他以本号任益州刺史，仍充前锋，先平定寻阳。及大军进至京邑，元起在建阳门筑起壁垒，与

王茂、曹景宗等合围，身挡锋镝。建康城平定后，晋号征虏将军。天监初年(502)，封为当阳县侯，食邑一千二百户。又晋号左将军，刺史如故，开始述职。　　当初，义师起义时，益州刺史刘季连迟疑不定，等到听说元起将要到来时，才发兵拒守。事迹见于《季连传》。元起至巴西，巴西太守朱士略开门以待。在此之前蜀人多逃亡，至此才出来投奔元起，皆称起义以响应朝廷，其部下新旧共三万余人。元起在路上奔波的时间太长，军粮匮缺。有人劝说他：“蜀地法令懈怠，民多狡诈令人厌恶，若检查巴西一郡户口的登记情况，予以惩罚，所获必厚。”元起同意了。涪县县令李膺上谏说：“您前有严重的敌情，后无增援部队，山民开始附从您，摹仿我们的行为准备。如果刻薄地纠缠他们，他们必定不堪忍受。众心一离，即使后悔也来不及了，何必靠制造矛盾来救济部队呢？我请求出去解决粮源，不用担心供给不足的。”元起说：“好，一切委任于你。”李膺下去后，率地方富户送来军粮，马上便得到三万斛。　　元起先派将领王元宗等，在新巴攻破季连部将李奉阳，在赤水攻破齐晚盛，军队驻扎于西平。季连开始固城自守。齐晓盛又在斛石攻破元起将领鲁方达，士众死者千余人，将士都感到害怕，元起于是亲率部队悄悄地进至蒋桥，离成都二十里，辎重留在郫县。季连再次派遣奉旧、晚盛率二千人，抄小道偷袭郫县，取得成功，军备全落入敌手。元起遣鲁方达率兵救援，失败而返，终不能克。元起放弃郫县，直接包围州城，三面扎上栅栏而一面挖上壕沟。元起出去巡视栅栏时，季连派精兵勇士偷袭他，将至麾下，元起下车持盾叱吓他们，士兵们不敢逼近。　　当时益州地区兵乱日久，